教学机构

（5个）

藏医系

藏药系

继续教育部

研究生处

基础部

科研机构

（1个）

藏医药研究所

直属正县级

事业机构

（1个）

西藏藏医学院附属医院

直属科级机构

（5个）

学院财务科、 图书与信息网络中心

藏医药与天文星算博物馆、实验标本中心

西藏藏医学院藏药厂

群团组织

（3个）

教育工会（办公室负责和管理）

团委（学工处负责和管理）

学院妇委会（人事处负责和管理）